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ChipCytometry高能解锁！可深度挖掘FFPE石蜡组织切片空间蛋白组学信息
人阅读 发布时间：2022-01-04 15:39
组织微环境的深度剖析对于理解疾病生物学机制及进展至关重要。在前面一期分享中，ChipCytometry技术的生物标志物空间剖析与数据分析能力完美结合让大家印象深刻（Chipcytometry：让生物标志物分析更精准），其具有的高分辨率、高动态范围成像实现了真正的单细胞分辨率，可对原生微环境中细胞可视化和量化，帮助研究者收集到一系列高表达和低表达蛋白的准确数据。
ChipCytometry技术在初期只能对细胞悬液、稀有细胞和冷冻组织切片进行空间蛋白组分析，经过Canopy公司科学家的深入开发，目前，ChipCytometry技术也支持福尔马林固定石蜡包埋处理的样本（FFPE）了！
ChipCytometry结合了组织学技术的优点和FFPE样品高通量测序技术，打破了FFPE空间表达分析的固有壁垒，在人或小鼠的FFPE样品中，可以在高分辨率水平对整个组织切片表达进行分析，进一步发掘组织切片深层次的空间生物学信息，为临床提供有价值的蛋白组学信息。
FFPE解决方案工作流程
ZellSafeTM 芯片设计独特，FFPE组织样本切片首先被固定到盖玻片上，然后再涂在芯片背面的粘合剂上，固定好的样本使用荧光标记的抗体进行迭代染色和成像。序列图像经过数字层层叠加，几乎可以分析无限重的蛋白生物标志物。
整个工作流程操作简单，除了样品固定外，染色、成像和分析等步骤全部自动进行。此外，存储在芯片上的FFPE样品，也可在不同时间点对其进行不同蛋白生物标志物的多重检测分析。
FFPE空间分析展示案例
ChipCytometry将迭代免疫荧光染色与高动态范围成像相结合，可以在同一样本上进行数十种乃至上百种生物标志物的定量分型。这里我们展示两个FFPE样本深度蛋白组空间分析案例。
案例一：探索免疫细胞组成及其空间分布
组织细胞的蛋白表达谱
通过对上皮细胞、T细胞、B细胞、巨噬细胞、NK细胞、单核细胞和树突状细胞的靶细胞等16种细胞及其亚型进行可视化及定量分型，详细了解组织样本的免疫细胞组成和它们的空间分布。
类流式量化数据
专有的软件可以对细胞类型进行聚类分析，将图像数据转换成定量的流式点图，并分别对样本中的每个细胞进行表型分析，深入分析组织微环境。在此案例中可以看到，软件对FFPE切片样本中每个细胞进行了单独分割，并对每个细胞的每个标志物的表达值进行了量化。
案例二：分析样本细胞微环境组成
这是一个来自非小细胞肺癌患者的临床FFPE样本（点击链接查看详细数据）的high-plex数据，ChipCytometry可以确定组织微环境的主要成分，如肿瘤区域和各种免疫细胞（CD45+）亚群。
非小细胞肺癌样本使用上皮细胞粘附分子（EpCAM）染色。
免疫区域
从图中可以看到，免疫细胞（CD45+）存在于整个组织中。此FFPE样本中的T细胞特别丰富，在分析过程中，这些T细胞被进一步分类为各种亚群，包括调节性T细胞（CD3+/CD4+/FoxP3）、辅助性T细胞（CD3+/CD4+）和细胞毒性T细胞（CD3+/CD8+）。
免疫浸润
在肿瘤区域（EpCAM+）内发现了髓样细胞（CD45+/CD14+），这些肿瘤浸润性免疫细胞的组成可以作为预测某些患者群体对治疗的反应和生存率的生物标志物。
表达PD-L1的肿瘤细胞
我们还在此样本上观察到PD-L1在许多肿瘤细胞（EpCAM+）上的共表达。PD-L1免疫检查点蛋白是一种在免疫治疗中十分重要的蛋白，在包括某些肺癌在内的多种肿瘤细胞上表达，它可以与免疫细胞上的PD-1受体相结合，能够抑制免疫反应。因此PD-L1在免疫疗法中具有非常重要的意义。
增值性免疫细胞
我们观察了增殖性免疫细胞（CD45+/Ki-67+）并分析了其他增殖性T细胞亚群，如辅助性T细胞、细胞毒性T细胞和调节性T细胞。在此样本中可以看到，以确保对感染作出有效反应，免疫细胞增殖受到严格控制。
从这两个案例可以看到，ChipCytometry平台在单细胞空间蛋白组学分析和细胞量化的研究中展现的强大能力，其结合了可靠的多组学分析算法和组织图像分析能力，可以在较大面积样本分析的过程中进行深度发掘组织的细胞微环境。这让我们坚信它可以作为研究者在探索疾病的发生机理和分析临床相关样本的可靠工具。
ChipCytometry 技术亮点
一、真正的单细胞定量
单细胞的分辨率支持对FFPE样本中每个细胞中每个标志物的表达进行定量
二、精确的空间蛋白分析
独有的ZellSafe™ 芯片技术和强大的分析软件，可以快速分析FFPE样本的细胞类型并精确定量
三、FFPE样品可长期存储
特殊的芯片式样本保存方式，可将样品完好地保存，2 年后检测，其蛋白标志物的保存率仍可在95%以上。保存期间可在不同时间、不同地点针对相同样品进行不同生物标志物的分析
ChipCytometry微环境多靶标蛋白分析技术平台结合了基于病理学家对组织样本进行注释的优势，以及对FFPE组织样本的高通量分析和探索能力，可以帮助研究者阐明细胞表型、组织位置和相互作用，深度发掘组织的空间与表型参数，最终转化为有针对性的治疗干预。如果您想对ChipCytometry技术有进一步了解，可以通过文章底部的联系方式和我们交流。
ChipCytometry技术在初期只能对细胞悬液、稀有细胞和冷冻组织切片进行空间蛋白组分析，经过Canopy公司科学家的深入开发，目前，ChipCytometry技术也支持福尔马林固定石蜡包埋处理的样本（FFPE）了！
ChipCytometry结合了组织学技术的优点和FFPE样品高通量测序技术，打破了FFPE空间表达分析的固有壁垒，在人或小鼠的FFPE样品中，可以在高分辨率水平对整个组织切片表达进行分析，进一步发掘组织切片深层次的空间生物学信息，为临床提供有价值的蛋白组学信息。
FFPE解决方案工作流程
ZellSafeTM 芯片设计独特，FFPE组织样本切片首先被固定到盖玻片上，然后再涂在芯片背面的粘合剂上，固定好的样本使用荧光标记的抗体进行迭代染色和成像。序列图像经过数字层层叠加，几乎可以分析无限重的蛋白生物标志物。
整个工作流程操作简单，除了样品固定外，染色、成像和分析等步骤全部自动进行。此外，存储在芯片上的FFPE样品，也可在不同时间点对其进行不同蛋白生物标志物的多重检测分析。
FFPE空间分析展示案例
ChipCytometry将迭代免疫荧光染色与高动态范围成像相结合，可以在同一样本上进行数十种乃至上百种生物标志物的定量分型。这里我们展示两个FFPE样本深度蛋白组空间分析案例。
案例一：探索免疫细胞组成及其空间分布
组织细胞的蛋白表达谱
通过对上皮细胞、T细胞、B细胞、巨噬细胞、NK细胞、单核细胞和树突状细胞的靶细胞等16种细胞及其亚型进行可视化及定量分型，详细了解组织样本的免疫细胞组成和它们的空间分布。
类流式量化数据
专有的软件可以对细胞类型进行聚类分析，将图像数据转换成定量的流式点图，并分别对样本中的每个细胞进行表型分析，深入分析组织微环境。在此案例中可以看到，软件对FFPE切片样本中每个细胞进行了单独分割，并对每个细胞的每个标志物的表达值进行了量化。
案例二：分析样本细胞微环境组成
这是一个来自非小细胞肺癌患者的临床FFPE样本（点击链接查看详细数据）的high-plex数据，ChipCytometry可以确定组织微环境的主要成分，如肿瘤区域和各种免疫细胞（CD45+）亚群。
非小细胞肺癌样本使用上皮细胞粘附分子（EpCAM）染色。
免疫区域
从图中可以看到，免疫细胞（CD45+）存在于整个组织中。此FFPE样本中的T细胞特别丰富，在分析过程中，这些T细胞被进一步分类为各种亚群，包括调节性T细胞（CD3+/CD4+/FoxP3）、辅助性T细胞（CD3+/CD4+）和细胞毒性T细胞（CD3+/CD8+）。
免疫浸润
在肿瘤区域（EpCAM+）内发现了髓样细胞（CD45+/CD14+），这些肿瘤浸润性免疫细胞的组成可以作为预测某些患者群体对治疗的反应和生存率的生物标志物。
表达PD-L1的肿瘤细胞
我们还在此样本上观察到PD-L1在许多肿瘤细胞（EpCAM+）上的共表达。PD-L1免疫检查点蛋白是一种在免疫治疗中十分重要的蛋白，在包括某些肺癌在内的多种肿瘤细胞上表达，它可以与免疫细胞上的PD-1受体相结合，能够抑制免疫反应。因此PD-L1在免疫疗法中具有非常重要的意义。
增值性免疫细胞
我们观察了增殖性免疫细胞（CD45+/Ki-67+）并分析了其他增殖性T细胞亚群，如辅助性T细胞、细胞毒性T细胞和调节性T细胞。在此样本中可以看到，以确保对感染作出有效反应，免疫细胞增殖受到严格控制。
从这两个案例可以看到，ChipCytometry平台在单细胞空间蛋白组学分析和细胞量化的研究中展现的强大能力，其结合了可靠的多组学分析算法和组织图像分析能力，可以在较大面积样本分析的过程中进行深度发掘组织的细胞微环境。这让我们坚信它可以作为研究者在探索疾病的发生机理和分析临床相关样本的可靠工具。
ChipCytometry 技术亮点
一、真正的单细胞定量
单细胞的分辨率支持对FFPE样本中每个细胞中每个标志物的表达进行定量
二、精确的空间蛋白分析
独有的ZellSafe™ 芯片技术和强大的分析软件，可以快速分析FFPE样本的细胞类型并精确定量
三、FFPE样品可长期存储
特殊的芯片式样本保存方式，可将样品完好地保存，2 年后检测，其蛋白标志物的保存率仍可在95%以上。保存期间可在不同时间、不同地点针对相同样品进行不同生物标志物的分析
ChipCytometry微环境多靶标蛋白分析技术平台结合了基于病理学家对组织样本进行注释的优势，以及对FFPE组织样本的高通量分析和探索能力，可以帮助研究者阐明细胞表型、组织位置和相互作用，深度发掘组织的空间与表型参数，最终转化为有针对性的治疗干预。如果您想对ChipCytometry技术有进一步了解，可以通过文章底部的联系方式和我们交流。
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